La réalisation des objectifs en matière de conservation nécessitera la mise en œuvre de nombreux projets avec énormément d’acteurs concernés. Dans ce cadre, une structure de programme servira de point de repère pour la mise en place d’une gestion correcte et efficace.

Le développement et le soutien du fonctionnement du projet du programme Natura 2000 occupent une position centrale dans le cadre de ce thème. Des plateformes Natura 2000 locales seront également mises en place. Celles-ci seront un lieu d’échange de l’information et de consultation avec les acteurs concernés et avec les acteurs au niveau du site. Un groupe de pilotage interrégional assurera le suivi et la gestion de la mise en œuvre du BNIP. À long terme, ce groupe de pilotage pourrait faire office de groupe de contact interrégional Natura 2000.