Het BNIP project is een overkoepeld project, met 48 subprojecten of acties. Deze subprojecten zijn telkens in te delen in een bepaald thema. In totaal zijn er zeven thema’s binnen BNIP.  Deze thematisch onderverdeling komt overeen met de verschillende thema’s zoals in de prioriteitenstrategie voor Natura 2000. Onze thema’s vormen als het ware een rode draad doorheen het project.